本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界。作为普通市民的阿玛塔‧空，在播放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇到看一次就迷上电影的御子乃‧铃白，二人后来亦因为这个话题而开始到城中闲逛。这时候，Altair界向他们生活的城镇进行两年来几乎没有停过的攻击，不同的是今次出现了新型Abductor，令人类一方——由圣天使学园学生操控的机械天使Aquaria没法招架。战火很快波及到刚刚认识的二人，阿玛塔在危急关头使用身体潜在的Element能力飞走，却又突然被Aquaria系统选中为Vector Z驾驶员……终焉所引…
杉山纪彰,植田佳奈,川澄绫子,诹访部顺一,下屋则子,门胁舞以,神奈延年,伊藤美纪,中田让治,小山力也,神谷浩史,三木真一郎,田中敦子,寺杣昌纪,浅川悠,西前忠久,真殿光昭,关智一
梶原岳人,岛崎信长,诹访部顺一,优木加奈,福山润,室元气,村濑步,日野聪,水树奈奈,安野希世乃,松田健一郎,
结川麻希,矢野妃菜喜
大空直美,增田俊树,八代拓
田村睦心,饭冢麻结,畠中祐
杉田智和,碧乃梨心
