本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界。作为普通市民的阿玛塔‧空，在播放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇到看一次就迷上电影的御子乃‧铃白，二人后来亦因为这个话题而开始到城中闲逛。这时候，Altair界向他们生活的城镇进行两年来几乎没有停过的攻击，不同的是今次出现了新型Abductor，令人类一方——由圣天使学园学生操控的机械天使Aquaria没法招架。战火很快波及到刚刚认识的二人，阿玛塔在危急关头使用身体潜在的Element能力飞走，却又突然被Aquaria系统选中为Vector Z驾驶员……终焉所引…
夏吉优子,松冈美里,船户百合绘
千贺光莉,梶田大嗣,关根明良
大冢刚央,若山诗音,阿部菜摘子
梅田修一朗,小山内怜央,白石晴香
竹中悠斗,稗田宁宁,佐藤榛夏
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