本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界。作为普通市民的阿玛塔‧空，在播放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇到看一次就迷上电影的御子乃‧铃白，二人后来亦因为这个话题而开始到城中闲逛。这时候，Altair界向他们生活的城镇进行两年来几乎没有停过的攻击，不同的是今次出现了新型Abductor，令人类一方——由圣天使学园学生操控的机械天使Aquaria没法招架。战火很快波及到刚刚认识的二人，阿玛塔在危急关头使用身体潜在的Element能力飞走，却又突然被Aquaria系统选中为Vector Z驾驶员……终焉所引…
长谷川育美,市之濑加那,千本木彩花,下地紫野
花江夏树,小野贤章,雨宫天,三泽纱千香,小松未可子,村田太志,加隈亚衣,山谷祥生,大原沙耶香,中井和哉,鸟海浩辅,茅野爱衣,岛村侑,水濑祈,速水奖,大川透
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